建设工程施工合同纠纷中，由于建工纠纷的特殊性质，解决争议时只能向工程所在地人民法院起诉，而实务中，也多有当事人通过约定仲裁管辖从而想达到规避专属管辖的约定，但对于约定仲裁是否有效、能否对抗专属管辖以及在补充协议有无约定或约定不一致的情形还存在误解，因此有必要就建设工程施工合同中约定仲裁条款的相关法律问题进行研究。
一、施工合同约定的仲裁是否有效？能否对抗专属管辖？
本文认为，建设工程施工合同约定的仲裁条款有效。首先，依据《仲裁法》规定，建设工程施工合同不属于不能仲裁的范围；其次，约定仲裁属于当事人处分自己民事诉讼的一种权利。只要该约定符合仲裁法等相关法律的规定，且具备约定条款的形式要件和实质要件，即尊重当事人仲裁合意，那么仲裁协议应认定为有效。
依据《民事诉讼法》相关规定，建设工程施工合同纠纷属于专属管辖范围，当事人在约定管辖、提起管辖权异议的时候均不能违反级别管辖和专属管辖。因此建设工程施工合同纠纷当事人，若约定诉讼法院，只能由建设工程所在地法院管辖案件，不能约定其他法院管辖。但是专属管辖是法院管辖独有的制度，仲裁没有专属管辖。由此可见，专属管辖是针对法院的管辖权而言的，即属于专属管辖的案件只能由特定的人民法院管辖，其他法院无权管辖，但是，仲裁是属于与法院管辖并行的两种解决争议纠纷的司法途径，因此专属管辖不得对抗仲裁，即当事人可以合意约定由仲裁机构仲裁解决纠纷。
二、施工合同约定仲裁，补充协议未约定争议解决条款的，能否适用仲裁条款？
本文认为，建设工程施工合同中约定其争议由仲裁机构解决，该约定对于没有约定争议解决方式的补充协议能否适用，关键在于作为主合同的施工合同与补充协议是否具有可分性。如果主合同与补充协议相互独立且可分，在没有特别约定的情况下，两者的争议解决方式按各自的约定处理，即主合同约定的仲裁条款不能适用于补充协议。如果补充协议是对主合同的补充或变更，即补充协议是主合同的附属部分，没有独立性，那么主合同约定仲裁条款应当适用于补充协议。
最高院公报案例之（2015）执申字第33号湖南华夏建筑有限责任公司与常德工艺美术学校申请不予执行仲裁裁决案中，最高院认为，
当事人自愿达成合法有效协议或仲裁条款选定仲裁机构解决其争议纠纷，是采用仲裁方式解决争议纠纷的前提。如果当事人没有约定其争议纠纷由仲裁机构解决，通常情况下，仲裁机构无权对该争议纠纷予以仲裁。但存在主合同与补充协议的情形时，当事人在主合同中约定其争议纠纷由仲裁机构解决，对于没有约定争议纠纷解决方式的补充协议可否适用该约定，其关键在于主合同与补充协议之间是否具有可分性。如果主合同与补充协议之间是相互独立且可分，那么，在没有特别约定的情况下，对于两个完全独立且可分的合同或协议，其争议解决方式应按合同或补充协议约定处理。如果补充协议是对主合同内容的补充，必须依附于主合同，而不能独立于主合同存在，那么，主合同所约定的争议解决条款也适用于补充协议。本案合同明确约定，双方当事人发生争议由常德市仲裁委员会管辖，故常德仲裁委员会对本案具有管辖权。此后双方签订的补充协议明确约定双方已签订了合同，为完善条款，对未尽事宜和可能出现的新问题补签该补充协议，且明确约定“所签补充协议与前签协议有同等效力。”由此可见，主合同所约定的发生争议提交常德市仲裁委员会仲裁的争议解决条款也应适用于补充协议。湖南省高级人民法院(2013)湘高法执监字第14号执行裁定中有关“补充协议并未约定争议的解决方式，因此，补充协议中水电安装及装饰工程等工程造价不属于仲裁协议的范围，仲裁裁决书对这部分工程造价作出了裁决，超出了仲裁裁决范围”部分的认定不正确，应予纠正。
三、施工合同约定仲裁，补充协议约定诉讼，仲裁能否适用？
（一）施工合同约定仲裁，补充协议约定向一方当事人所在地人民法院起诉的，因补充协议系对施工合同仲裁条款的变更，不再适用仲裁，但补充协议因违反专属管辖规定而无效，故应当应当向工程所在地人民法院起诉。
原因有二，一是双方签订的建设工程施工合同虽然约定仲裁，但后双方又通过签订补充协议约定向一方当事人所在地人民法院管辖，依据《民法典》第五百四十三条规定：“当事人协商一致,可以变更合同。该补充协议系双方当事人的合意，双方达成合意约定改变仲裁，是对原合同争议解决条款的变更，故不再适用仲裁，但同时补充协议约定管辖因违反专属管辖，也不适用于一方所在地人民法院管辖，故应当向工程所在地人民法院起诉。
二是双方签订的施工合同约定仲裁，但双方签订补充协议约定了诉讼解决，由于补充协议签订在后，应视为双方对原争议达成的仲裁合意做出变更。根据仲裁法司法解释第七条，“当事人对同一争议既约定仲裁又约定诉讼解决的，约定无效的规定”仲裁条款应视为无效。因此，当补充协议约定了诉讼，通常会导致原合同的仲裁条款无效，但是因补充协议约定的法院管辖违反专属管辖，故应当适用专属管辖，即向工程所在地人民法院起诉。
（二）施工合同约定仲裁，补充协议约定或裁或诉的，应以补充合同为准，补充合同约定的仲裁条款无效的案件应由工程所在地人民法院主管。
最高人民法院关于江苏金厦建设集团有限公司、山西谊融房地产开发有限公司建设工程合同纠纷(2019)最高法民终279号民事裁定书中认为，2016年4月16日，江苏金厦公司与山西谊融公司签订《晋中市建设工程施工合同书》约定，将双方在合同履行过程中发生的纠纷提交晋中仲裁委员会仲裁。2017年3月23日，双方签订《数码电影汇展中心项目建设工程施工补充合同》约定，甲乙双方在执行本协议过程中,如发生分歧,可协商解决,协商达不成一致时,均可申请相关部门调解，调解不成,向晋中市仲裁委员会提起仲裁,如仲裁调解不成,可由合同签订地人民法院诉讼解决。双方于《晋中市建设工程施工合同书》之后，经协商重新签订《数码电影汇展中心项目建设工程施工补充合同》，该两份合同就争议解决方式约定不一致的，应以《数码电影汇展中心项目建设工程施工补充合同》为准。《数码电影汇展中心项目建设工程施工补充合同》中虽然约定将纠纷提交仲裁机构仲裁，但同时约定如仲裁调解不成,可由合同签订地人民法院诉讼解决，并未将仲裁作为纠纷的最终解决方式。故《数码电影汇展中心项目建设工程施工补充合同》约定的仲裁条款无效。一审法院以案涉仲裁协议有效，双方的工程结算纠纷应当向仲裁机构申请仲裁为由，裁定驳回江苏金厦公司的起诉不当，本院予以纠正。
