一、实务中造成多份施工合同并存的原因
实务中，造成多份施工合同并存的原因主要有五种。
一是为规避行政管制。《招标投标法》第43条规定“在确定中标人前，招标人不得与投标人就投标价格、投标方案等实质性内容进行谈判”；第55条规定“依法必须进行招标的项目，招标人违反本法规定，与投标人就投标价格、投标方案等实质性内容进行谈判的，给予警告，对单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予处分。前款所列行为影响中标结果的，中标无效”。实务中，对某些必须进行招标的项目，发包方拟发包给某一施工单位进行施工，但若进行真正的招投标则具有不可控性，因此就出现了发包方在招标前即已先确定施工单位并与之签订施工合同，再走过场般的进行招标程序后签订另一份施工合同备案，以规避政府对施工的监管，此即业界所称的“先定后招”。
二是为规避招标投标确定的备案合同。《招标投标法》第46条第1款规定：“招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。”然而，发包人为了控制成本、提高利润，往往利用其优势地位，在签订中标合同时变更招投标文件中已经确定的实质性内容，甚至直接在中标合同之外另行签署一份内容完全不同的用于实际履行的合同，同时签订投标文件中确定的合同备案，形成“黑白合同”。
三是出于预留指定分包与办理施工许可证的需要。《建筑法》第7条规定，建筑工程开工前，建设单位应当按照国家有关规定向工程所在地县级以上人民政府建设行政主管部门申请领取施工许可证。在我国对有关建筑工程实行施工许可证制度，有利于保证开工建设的工程符合法定条件，在开工后能够顺利进行；同时也便于有关行政主管部门全面掌握和了解其管辖范围内有关建筑工程的数量、规模、施工队伍等基本情况，及时对各个建筑工程依法进行监督和指导，保证建筑活动依法进行。办理施工许可证的条件之一即是已经确定建筑施工企业，提交建设工程总承包合同。而有的建设方为控制成本、控制质量或由于各种关系，意图对工程项目中的个别分部分项或专业工程进行指定分包，此种情况下，可能会出现建设单位与同一总承包单位签订的两份施工合同，一份施工合同约定的工程范围去除拟指定分包部分，另一份是包含全部工程范围。前者用于实际履行，后者只用于备案办理施工许可证使用。
四是因工程设计变更、工期延误等客观原因。因工程设计变更、工期延误等客观原因，发包人与承包人亦有可能在原合同外再行签署补充协议或现场签证单等变更工程价款、工期等内容。
五是因其他原因导致中标的备案合同和存档备案的合同同时存在。
实务中，有的发包人将中标的建设工程施工合同报建设行政主管部门备案后，又出于其他原因，将内容不同的建设工程施工合同报当地城市建设档案馆存档备案。
二、多份施工合同并存而当事人对结算依据有争议的情况下，如何判断工程价款结算依据
多份施工合同并存而当事人对结算依据有争议的情况下，如何判断工程价款结算依据，要区分情况对待。
一是对必须招标的项目，以有效的中标合同为结算依据。对必须招标的项目，多份施工合同实质内容不一致时，应以有效的中标合同为准，其他变相降低工程价款的合同无效，此即“黑白合同”规则。《建设工程司法解释二》第1条第1款规定，是对《建设工程司法解释一》第21条中关于建设工程施工合同实质性内容的细化确定，简言之即四部分（工程范围、建设工期、工程质量、工程价款），均系建设工程施工合同的核心条款。该条第2款，是关于另行签订合同变相降低工程价款如何处理的规定。实践中，当事人为了规避《招标投标法》第46条，另行签订合同时并不直接变更中标合同价款，而是约定高价购买承建房屋、无偿建设住房配套设施、直接让利、向发包人捐赠财物等内容，这相当于通过另一方式变相降低了工程价款，仍应认定属于背离有效中标合同实质性内容的情形，此时仍应按有效中标合同约定的工程价款进行结算。
二是对非必须招标的项目，但通过合法有效的招投标程序发包的，仍以有效的中标合同为结算依据。《建设工程司法解释二》第9条规定：“发包人将依法不属于必须招标的建设工程进行招标后，与承包人另行订立的建设工程施工合同背离中标合同的实质性内容，当事人请求以中标合同作为结算建设工程价款依据的，人民法院应当支持，但发包人与承包人因客观情况发生了在招标投标时难以预见的变化而另行订立建设工程施工合同的除外。”简言之，最高人民法院对此的态度是，即使不属于必须招标的项目，一旦发包人按照招标程序对外发包工程，从维护公平、公正、公开的招标投标秩序角度出发，结算依据仍然以中标合同为准，任何背离其实质内容的其他协议都不能作为结算工程价款协议，除非客观情况发生了在招投标时难以预见的变化。
三是在招投标程序合法的情况下，其他背离合同实质内容而另行签订建设工程施工合同时，结算时仍须以招标文件、投标文件、中标通知书为依据。《建设工程司法解释二》第10条规定：“当事人签订的建设工程施工合同与招标文件、投标文件、中标通知书载明的工程范围、建设工期、工程质量、工程价款不一致，一方当事人请求将招标文件、投标文件、中标通知书作为结算工程价款的依据的，人民法院应当支持。”
四是中标合同无效而其他合同有效的情况下，一般以其他有效合同作为结算依据。此主要针对非必须招标的项目，当事人通过招标投标程序发承包，但中标合同无效而当事人另行签订的施工合同有效的情形。
五是多份合同均有效，但都不需要公示、不涉及其他主体的权益，则尊重当事人意思自治原则，按照实际履行的合同为结算依据。此主要针对非必须招标的项目，当事人也未经过招投标程序发承包而签订两份以上其他有效合同的情形。
六是多份施工合同均无效的情形下，以实际履行的合同为结算依据。《建设工程司法解释二》第11条规定：“当事人就同一建设工程订立的数份建设工程施工合同均无效，但建设工程质量合格，一方当事人请求参照实际履行的合同结算建设工程价款的，人民法院应予支持。实际履行的合同难以确定的，当事人请求参照最后签订的合同结算建设工程价款的，人民法院应予支持。”
实践中，此种情形最常见的即是“先定后招”现象。对于依法必须进行招标的建设工程项目，如果在履行法定的招投标程序之前，招标人即与投标人订立了建设工程施工合同的，属于招标人预先内定中标人的情形，违反了《招标投标法》第43条和第55条的规定，即使事后办理了招投标手续，也应认定为中标无效，所订立的建设工程施工合同亦应当认定为无效。在先定的合同和通过招投标订立的合同均无效的情况下，参照双方实际履行的合同确定工程结算价款，更符合当事人的真实意思表示，也更有利于建立诚信的建筑市场秩序。
三、简便记忆多份施工合同并存而当事人对结算依据有争议情况下的结算依据确认规则
此问题一直为实践中的难点，建议按照下列顺序进行简要记忆和理解。（1）一份合同有效，一份合同无效，按照有效的合同结算。此针对必须招标的项目存在“阴阳合同”或“黑白合同”的情形和非必须招标的项目，当事人通过招投标程序发承包，但中标合同无效而当事人另行签订的施工合同有效的情形。（2）两份合同均有效，但其中一份经过了公示，就此产生公信力，则应按公示的合同进行结算。此针对非必须招标的项目但通过合法有效的招投标程序发承包，以招投标程序签订的施工合同为结算依据的情形。（3）两份合同均有效，但两者都不需公示，不涉及其他主体的权益，则尊重当事人意思自治原则，按照实际履行的合同为结算依据。此针对非必须招标的项目，当事人也未经过招投标程序发承包而签订两份以上有效合同的情形。（4）两份合同均无效，则地位平等，按照当事人实际履行的合同为结算依据。此主要针对必须招标项目，但当事人有“先定后招”行为导致先定合同、中标合同均无效的情形。
四、审判实践中对当事人实际履行的施工合同的判断
在两份施工合同并存、工程承发包双方对结算依据有争议的情况下，如果两份施工合同均无效，或者两份施工合同均有效但都未经过公示（招投标），应以实际履行的施工合同作为结算依据。因此，实践中判断当事人实际履行的哪份施工合同意义重大。但是，由于施工合同履行的长期性、多变更性、复杂性，判断哪份是实际履行的施工合同也是审理建设工程施工合同纠纷的难点之一，实务中，首先，应先穷尽完审查手段，具体可从以下方面进行审查：
一是施工范围实际是按照哪份合同执行。二是预付款比例实际是按照哪份合同支付。三是进度款比例实际是按照哪份合同支付。四是结算程序、结算计价方式实际是按照哪份合同履行，特别是在承包方提交数份不同的结算报告时，第一次提交的结算报告是按照哪份合同制作。五是质保金的比例及返还期限实际是按照哪份合同预留。六是工期规定是按照哪份合同履行。七是施工过程中奖罚规定是按照哪份合同执行的。八是哪份施工合同中规定的工程项目部组成人员与现场情况更一致等。
其次，通过上述方法仍不能确定的情况下，按照《建设工程司法解释二》第11条的规定，推定最后签订的合同系实际履行的合同。《建设工程司法解释二》第11条规定：“当事人就同一建设工程订立的数份建设工程施工合同均无效，但建设工程质量合格，一方当事人请求参照实际履行的合同结算建设工程价款的，人民法院应予支持。实际履行的合同难以确定，当事人请求参照最后签订的合同结算建设工程价款的，人民法院应予支持。”
