建设工程施工合同纠纷中，发包人常会要求从应支付给承包人的工程款中抵扣部分费用，对此认定北京高院及河北高院存在相关规定：北京市高级人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件若干疑难问题的解答》第21条规定：承包人依据建设工程施工合同要求发包人支付工程款，发包人主张将其已向合法分包人、实际施工人支付的工程款予以抵扣的，不予支持，但当事人另有约定、生效判决、仲裁裁决予以确认或发包人有证据证明其有正当理由向合法分包人、实际施工人支付的除外。河北省高级人民法院《建设工程施工合同案件审理指南》第32条规定：承包人请求发包人支付工程款，发包人以向实际施工人支付工程款抗辩的，应当举证证明支付工程款数额及支付理由，对付款有特殊约定、承包人予以授权、生效裁决予以确定，或者有其他正当理由，人民法院应当予以支持。

由上述规定可推知，建设工程施工合同纠纷中，发包人与承包人之间工程款的结算和支付应当严格遵循合同相对性原则，相关事项应当在合同相对人之间进行。除法律存在明确规定之外，不得任意突破合同相对性认定发包人向第三方付款的行为，否则将会造成工程款结算和支付的混乱而引发相关争议。发包人向承包人之外即与其无合同关系的第三方支付相应款项，若具有承包人有效授权则可认定抵扣。除此之外，政府部门指令、生效判决、仲裁裁决等亦系正当支付理由。否则，发包人突破合同相对性的擅自付款行为，不得认定为对承包人工程款的有效支付，对承包人不产生法律效力，亦不得在已付款中予以抵扣。

实务中存在如下裁判观点：

1.建设工程施工合同中明确约定了付款方式，发包人突破合同相对性，直接向第三方付款，不构成对承包人工程款的有效支付，不予支持抵扣

（2019）最高法民申6732号案件中，最高院认为：如容许发包人随意突破合同相对性，直接向实际施工人付款，则可能会损害承包人的权益。故在缺乏正当理由情况下，发包人不能未经承包人同意，违反合同约定直接向实际施工人支付工程款。故在天瑞公司与鹏腾公司在施工协议中明确约定了支付工程款的开户银行及账号情况下，二审判决认定天瑞公司应当按约定方式支付工程款并无不当。此外，除案涉项目外，项瑞戗还为天瑞公司施工附属工程，天瑞公司亦负有向项瑞戗支付附属工程款的义务。因此，二审判决认为天瑞公司未经鹏腾公司同意直接向项瑞戗或其指定第三人的付款不属于对本案工程款的有效支付，并无不当。

2.发包方在未签订委托付款协议情形下直接代付的款项不能直接抵扣工程款

（2021）最高法民终371号案件中，最高院认为：《结算等问题解决办法》第一部分第8项约定：“宁远公司代湘城公司支付的湘城公司所用鑫富源公司商砼尾款，由双方现场与鑫富源公司核对欠款金额，并签订三方委托付款协议由宁远公司支付，从湘城公司的结算金额中扣除同等的金额，不予复计。”诉讼中，宁远公司提供鑫富源公司供货明细、收款明细及情况说明一份，证明其已代湘城公司支付鑫富源公司商砼款1728261元的事实，但该供货明细、收款明细均系鑫富源公司单方出具，并无湘城公司签字确认，湘城公司对真实性不认可。因宁远公司与湘城公司在《结算等问题解决办法》中已明确约定，其双方与鑫富源公司共同核对商砼欠款金额，然后签订协议由宁远公司代为支付，但宁远公司在未经核对的情况下，自行向鑫富源公司支付款项，并以此主张在其应付工程款中予以抵扣，违反双方约定，一审法院未予支持并无不妥。就该部分款项，双方可在核对后另行处理。

3.发包人向第三方支付的材料款主张抵扣已付款在无相关证据印证的情况下应就该款项另案主张权利

（2020）最高法民终370号案件中，最高院认为：代付钢材款250万元。中南公司主张代三建公司向案外人群星公司支付的钢材款250万元应计入已向三建公司支付的工程款。本院认为，中南公司针对该主张提交的三建公司委托付款函并非原件且无其他证据印证，且该款项涉及三建公司与群星公司钢材供货合同结算，不宜在本案中一并处理，故对中南公司该项主张在本案中不予支持，对三建公司关于相关收据中印章真实性的鉴定申请亦不予准许。中南公司就该款项可另案主张权利。

笔者建议：发包人与承包人作为建设工程施工合同相对方，在合同相对性原则的约束之下，若发包人越过承包人直接向第三方支付款项，不应直接认定为系向承包人履行了支付工程款的义务。但在存在承包人认可、政府部门指令、生效判决、仲裁裁决等正当理由的情形下可认定抵扣。